Edit modeで、分けたいストロークを選択した後、上のタブにあるStroke→Move to layer→移動させたいレイヤー名。　＋New layerを選ぶと新しいレイヤーを作成しそこに移動する

選択するとき、範囲選択だけだと取りこぼすことがあるので、ストロークの一部を選択した後その上にカーソルを合わせた後Lキーを押すとストローク全部が選択できる